Phiv, plateau d'histologie végétale

Glossaire de l'imagerie

   

 

Aberration : Défaut de correction du système optique

Aberration chromatique : due à la dispersion de la lumière par les lentilles, elle donne des images colorées décalées en taille et en position. Erreur de construction optique provoquée par la réfraction différente des rayons lumineux de diverses longueurs d'ondes sur une lentille

Aberration sphérique : Due à la focalisation différente produite par le centre et les bords des lentilles. Erreur de construction optique provoquée par la distance différente des rayons lumineux paraxials de même longueur d'onde que celle de l'axe optique

Aliasing : Erreur de construction générée par un taux de balayage trop faible par rapport à la fréquence du signal

AOTF : (Accousto-optical Tunable Filter)

Apochromate : Classe de correction d'un objectif. Pour les objectifs de ce type, l'aberration chromatique est corrigée pour les trois longueurs d'onde (450, 550 et 650 nm pour la plupart)

Axe optique : Axe passant par le centre des dioptres

Binarisation : Extraction d'une image binaire par un procédé de seuillage à partir d'une image à niveaux de gris

Blanchiment : Destruction de colorants fluorescents par un éclairage intensif. En cas d'excitation avec une intensité trop élevée, les molécules de colorants peuvent passer par intercroisement d'un état de singulet à un état de triplet

Brillance : Intensité lumineuse par unité de surface. La brillance détermine la luminosité de l'image produite par un microscope. La brillance dépend de la capacité de l'objectif à cencentrer la lumière (proportionnelle au carré de l'ON et inversement proportionnelle au carré du grandissement latéral )

Cadre (frame) : Un cadre correspond à un enregistrement d'une coupe individuelle

Condenseur : Permet de réaliser une N.A voisine de celle de l'objectif et un éclairement uniforme du champ d'observation

Courbure de champ : Se manifeste par une déformation géométrique de l'image lorsqu'un point est décalé par rapport à l'axe optique c'est-à-dire fournit deux images dont les surfaces ont des courbures différentes

Dark charge : d'une caméra CCD. Produit par des charges générées par la température. Il n'y a aucun moyen de différencier cette "charge noire" de celle générée par le signal. Le bruit de fond du signal peut être soustrait, mais pas la "charge noire".

Détectabilité : Détermine le plus petit signal qui peut être discerné d'un bruit associé dans l'acquisition d'un signal

Dichroïque : Les filtres sont des filtres d'interférence pour un angle d'incidence de la lumière de 45°. La transmitivité ou la reflexivité des dichroïtes doubles dépend d'une ou de plusieurs longueurs d'onde de la lumière fixes (multi-dichroïques). Pour une dichroïte double DD 488/568 par exemple, la lumière d'excitation est réfléchie à 488 et 568 nm et transmise au de là de ces valeurs

Diffraction : A cause de sa nature ondulatoire, la lumière ne suit pas les règles de l'optique géomètrique et ne se propage pas de façon rectiligne. Elle est diffractée par un objet de petites dimensions (une fente) ce qui provoque la formation de franges autour de l'image à cause des interférences des rayons diffractés

Diffusion : Propagation dans différentes directions

DIFM : Digital Imaging Fluorescence Microscopy

Disque d'Airy : Il s'agit du cercle interne clair de l'image diffractée composée d'une source de lumière ponctuelle. Ce cercle est entouré d'anneaux de diffraction alternativement fonçés et clairs

Distance de Travail : Aussi appelée distance frontale, désignée par WD (Working distance). Il s'agit de l'espace qui sépare la face supérieure de la lamelle et la face inféreieure de la lentille frontale de l'objectif, quand la mise au point est réalisée sur un objet touchant la face inférieure d'un couvre-objet de 0.17 mm d'épaisseur

Distance focale : Distance entre le centre de la lentille et le foyer image

Fading : Diminution exponentielle lente et progressive de l'intensité de fluorescence. Atténué par * des réactifs antifadings (Slow Fade) * réduction de la lumière d'excitation * caméra CCD faible niveau de lumière. Ce terme s'applique plus précisemment pour décrire une baisse d' l'intensité de fluorescence lorsque des préparations ont été stockées puis réobservées (voir photobleaching)

FCS : Fluorescence Correlation Spectroscopy

Filtre neutre : Ce sont des petites plaques de verre partiellement recouvertes d'un miroir. Ils servent à répartir le trajet optique indépendamment de la longueur d'onde. Pour un filtre neutre RT 30/70 par exemple, 30% de la lumière d'excitation sont réfléchis et 70% sont transmis

Filtre numérique : Il se compose d'une régle de calcul, selon laquelle des données d'image pauvent être modifiées. Pour les filtres, on essaie toujours d'éloigner des composantes d'images parasites

Fluor (objectif au fluor, fluo : Classe de correction d'un objectif. Les objectifs fluor sont semi-apochromatiques c'est-à-dire qu'ils se trouvent entre les achromates et les apochromates au niveau de la correction

Fluorescence : Il s'agit de l'émission par certains composés chimiques (fluorochromes) d'un rayonnement dit de fluorescence lorsque les molécules sont soumises à un rayonnement d'excitation. La longueur d'onde de la fluorescence émise est toujours supérieure à la longueur d'onde incidente. Le phénomène ne se produit que pendant l'action du rayonnement d'excitation

Foyer image : Point de convergence de rayons parallèles à l'axe de la lentille

Frame : (voir cadre)

FRAP : Fluorescence Redistribution After Photobleaching

FRP : Fluorescence Photobleaching Recovery

Grandissement de l'objectif : Le grandissement transversal de l'objectif est définit comme le rapport A'B' / AB, où AB est la taille de l'objet et A'B' la taille de l'image de cet objet à travers l'objectif

Grossissement du microscope : Il s'agit du produit du grandissement transversal de l'objectif par le grandissement de l'occulaire

Isotrope : Dont les propriétés physiques sont les mêmes dans toutes les directions

Limite de séparation : Valeur pour laquelle le contraste de l'image donnée par un microscope parfait est nul. Donné par P= l/2n sina. Avec 1/P la fréquence spatiale

LTS : voir modèle LTS

Lumière polarisée : La lumière naturelle vibre de façon aléatoire dans toutes les directions au cours de sa propagation. La lumière est polarisée quand elle vibre salon une direction privilégiée

Luminescence : Emission de photons d'états électroniquement excités

LUT : Look Up Table (Table de correspondance)

Micoscope à contraste de phase : (à une seule onde dédoublée). Un artifice d'éclairage permet de séparer l'onde incidente en deux faisceaux, l'un modifié par l'objet, l'autre modifié par lui. C'est par recombinaison interférente de ces deux faisceaux, l'un ayant été convenablement déphasé par rapport à l'autre, que l'on obtient l'image finale

Microscope interférentiel : Au niveau du système d'éclairage, avant la traversée de l'objet, des systèmes optiques (variés suivant les constructeurs) dédoublent le faisceau incident en 2 faisceaux proches l'un de l'autre, et ce dédoublement est en général variable au gré de l'opérateur. Un second système optique, symétrique du premier, mais situé après l'objet, recompose les 2 faisceaux en les faisant interférer pour construire l'image

Modèle LTS : Le modèle LTS (Luminance Teinte Saturation) se rapproche de la définition physique de la couleur. La teinte (couleur) est déterminée par la longueur d'onde des photons, la luminance représente l'intensité ou nombre de photons et la saturation représente la pureté de la lumière (monochromacité)

Modèle RGB : Toute les couleurs visibles et leurs nuances peuvent être décrites par la combinaison de trois composantes rouge, verte et bleue en proportion variable (RGB). Le modèle RGB présente des inconvénients pour réaliser des mesures en colorimétrie, en particulier dues au recouvrement des composantes

NA : Numerical Aperture (Ouverture Numérique de l'objectif, ON). sin(a) où a est le plus grand angle qu'un rayon puisse former avec l'axe optique pour pouvoir pénétrer dans l'ouverture de l'objectif. La plus petite distance qui peut être vue séparément par l'objectif est donnée par

Objet d'amplitude : Quand les détails d'une préparation sont seulement caractérisés par des différences d'opacité ou de couleurs

Objet de phase : Objets caractérisés par des variations de l'indice de réfraction - Transparents

ON : ouverture numérique (voir NA)

OTF : Optical Transfert Function (Fonction de Transfert Optique). Expression mathématique décrivant le rapport entre la sortie et l'entrée d'un système optique. L'OTF est la transformée de Fourrier de la PSF

Photobleaching : Destruction irreversible permanente (photodégradation) de la molécule fluorescente par une conversion induite par la lumière du fluorophore en un composé chimique non fluorescent sous irradiation. Ce processus nécessite de la lumière et l'O2 moléculaire pour la plupart des sondes fluorescentes. (voir fading et photoblanchiment)

Pixel : Picture Element. Un pixel est le plus petit élément d'image indivisible dans un système à deux dimensions

Pléochroïsme : Variations de colorations particulières aux corps biréfringents colorés et produites, non plus par interférence, mais par absorption inégale des rayons polarisés suivant diverses directions dépendant de la constitution de l'objet

Polarisation de fluorescence : Une excitation polarisée de molécules sondes n'est possible que pour des molécules ayant des positions spatiales données par rapport à l'excitation. Si la molécule est dans un milieu rigide, l'émission sera anisotrope; au contraire dans un milieu infiniment fluide, la molécule pourra prendre une orientation quelconque. Entre les 2, une dépolarisation intermédiaire, sensible à la "fluidité" du milieu peut être obtenue et corrélée à celle-ci

Profondeur de champ : Distance qui sépare en suivant l'axe optique (axe de l'observation) les parties extrêmes de l'objet, nettes sans variation mécanique de la mise au point (focalisation du microscope). Il s'agit en fait de la distance de deux points de l'axe tels que leurs images soient toutes deux acceptables. ex

PSF : Point Spread Function (Réponse impulsionnelle Optique). Réponse d'un système optique à une source ponctuelle de lumière. La PSF est la transformée de Fourier inverse de l'OTF

Réflexion : Un rayon réfléchi est un rayon se réfléchissant sur une surface. L'angle de réflexion est égal à l'angle d'incidence

Réfraction : Il ya réfraction lorsqu'un faisceau lumineux se propageant dans un milieu optique passe dans un autre en changeant de direction. -Réfringent

Résolution : d'un système microscopique, en pixels/micron, selon le critère de Rayleigh. Donné par R=NA/0,6.l pour un système illuminé de manière monochromatique, incohérent. Distance minimale requise entre deux objets pour qu'ils apparaissent distincts (1,22 l/2. ON) La qualité première d'un objectif est le pouvoir résolvant (rendre visible les détails les plus fins) ex

ROI (Region of Interest) : Une ROI comprend une région sur laquelle sera effectuée une exploitation de mesure

Segmentation : Représentation condensée d'une image pour obtenir une réduction pertinente de l'information contenue dans l'ensemble des pixels ou des voxels

Shading : Réponse de l'intensité en fonction de la position spatiale dans l'image. Effet d'une illumination non-uniforme

SNR : Signal Noise Ratio (Rapport Signal sur Bruit). S se réferant au signal incident entrant, N se réferant au bruit associé à cette mesure. S/N définit la précision de la mesure plutôt que la réponse du détecteur

Sonde : Marqueur d'un système biologique, considéré comme une molécule, petite par rapport au système, et fournissant des informations sur son environnement

Transfert d'énergie : Processus non radiatif. Se produit entre 2 chromophores séparés par une distance de 10 Å et quand le spectre de fluorescence du donneur chevauche le spectre d'absorption de l'accepteur

Voxel : Volume Element. Un Voxel est le plus petit élément de volume indivisible dans un système à trois dimensions.